Думаю не все еще толком разобрались как именно теперь использовать тег noindex, после того как Яндекс стал понимать атрибут nofollow. Предыдущий тег никуда не делся, но используется он теперь немного с другой целью. Объясню в нескольких словах.
Тег noindex, который раньше использовался вебмастерами для того, чтобы закрыть ссылки, теперь закрывает от индексации только текст. Атрибут nofollow используется в случае, если нужно запретить от индексирования внешнюю ссылку. Таким образом функционал, который раньше принадлежал одному тегу теперь распределился между ним и новым атрибутом.
Также, думаю, что многие из вебмастеров забыли позакрывать с помощью nofollow счетчики, так же как забыл это сделать я )) В случае с LI атрибут nofollow должен стоять сразу же после тега <a> и вместо двойных кавычек используются одинарные. Вот пример кода:

Думаю, лишние ссылки на сайте никому не нужны, поэтому лучше добавить нужный атрибут в код счетчика, особенно на сапосайтах. Нужно сделать изменения на всех сайтах, где это потребуется.